ปัญหาที่พบในCooling towerหลักๆคือ

1) ตะกรัน หรือตะกรันหินปูนที่เกิดขึ้น ในส่วนต่างๆของระบบคูลลิ่ง ทาวเวอร์เกิดจากที่อากาศภายนอกได้พัดนำพาเศษฝุ่นละอองในอากาศเข้ามาปะปนกับน้ำที่เติมเข้าไปในระบบ(water made up) แล้วเมื่อน้ำระเหยตัวขึ้นสู่บรรยากาศไม่ได้นำพาแร่ธาตุออกไปด้วยเมื่อนานวันเข้าก็ทำให้เข้มข้นมากขึ้นเกิดเป็นตะกรันอยู่ในส่วนต่างๆของระบบ ทำให้ลดประสิทธิภาพในการแลกเปลี่ยนความร้อน

2)ปัญหาสนิมและการกัดกร่อน เกิดจาก ออกซิเจนและคาร์บอนไดออกไซด์ และถ้าเกิดตะกรันขึ้นจะส่งผลให้เกิดสนิมและตามดหรือรูเล็กๆใต้ชั้นตะกรันขึ้นได้ เพราะเมื่อมีตะกรันเกาะอยู่ที่ผิวโลหะ จะทำให้น้ำที่เคลื่อนที่ผ่านผิวโลหะช้าลงและบางส่วนจะนิ่งจนสามารถทำให้ออกซิเจนที่ละลายอยู่ในน้ำมีโอกาสสัมผัสกับโลหะได้มากขึ้นซึ่งจะส่งผลให้เกิดการกัดกร่อนเกิดเป็นสนิมขึ้น และเมื่อสนิมหลุดออกมาอยู่ในน้ำก็จะทำให้โลหะที่ถูกกัดกร่อนเป็นรูเล็กๆที่เรียกว่าตามดหรือพิตติ้งเกิดขึ้นได้ด้วย

3) ปัญหาการเกิดตะไคร่น้ำ เกิดจากที่คูลลิ่ง ทาวเวอร์สัมผัสกับอากาศตลอดเวลา ทำให้มีโอกาศที่เชื้อแบคทีเรียหรือจุลินทรีย์และสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กจะลงไปปะปนในน้ำและประกอบกับมีแสงแดดและอุณภูมิที่เหมาะสมทำให้เกิดการเจริญเติบโต จนเป็นตะไคร่น้ำและเมือกจุลินทรย์ต่างๆจับตัวอยู่ในคูลลิ่งทาวเวอร์